В рамках научно-исследовательской деятельности осуществляется проведение фундаментальных и прикладных научных исследований и работ в области эпидемиологии инфекционных и паразитарных заболеваний, комплексное научно-методическое обеспечение профилактических и противоэпидемических мероприятий, направленных на поддержание санитарно-эпидемиологической безопасности населения Российской Федерации в соответствии с утвержденным планом научно-исследовательских работ.
Основными задачами научно-исследовательской деятельности являются:
совершенствование методов эпиднадзора за паразитарными инфекциями и инвазиями, противоэпидемических и крупномасштабных оздоровительных мероприятий, соответствующих современной эпидемиологической и социально-экономической ситуации на территории Западной Сибири, в том числе:
С целью мониторинга природных очагов и исследования роли эпизоотического процесса описторхоза и меторхозов в функционировании очагов инвазий ежегодно организуются экспедиции для проведения ландшафтно-экологических, эколого-эпизоотологических и паразитологических исследований.